Jacob Portman, seize ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-pere. Ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de Galles, ou ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. Le jeune Abe Portman y a été recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un oprphelinat pour enfants "particuliers". Abe y côtoyait une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles, censées les protéger des "Monstres". Jacob n'a plus aucun doute: les enfants particuliers ont réellement existé. Mais étaient-ils dangereux ? Pourquoi vivaient-ils ainsi reclus, cachés de tous ?